Joseba Azkarraga Justizia kontseilari zela hasi zen Eusko Jaurlaritzan lanean Txema Urkijo (2002), eta Giza Eskubideen zuzendaria izan zen 2002tik 2005era. Urte horietako bizitza politikoan "tentsioa baretzera" zetorrela esan zuen orduan Urkijok, eta ez zuen aparteko gorabeherarik izan hiru urte horietan.
2005ean, ordea, dimisioa eman zuen. Beste "ezinegon" batzuk zituelako, esan zuen berak. Baina, askoren ustez, Joseba Azkarraga garai hartako Justizia kontseilariarekin desadostasun nabarmenak zituelako. Ez batak eta ez besteak ez zuen horrelakorik onartu jendaurrean.
Azkarragak, haren lana baloratzerakoan, hiru urte horietan "berehalako arrakastatik urrunduta" lan egin zuela nabarmendu zuen, ez zuela epe laburreko errekonozimendurik bilatu.
Dimisioa eman eta urtebetera baino gutxiagora itzuli zen Urkijo Eusko Jaurlaritzara (2006an). Biktimen Zuzendaritzako aholkulari gisa orduan, Javier Balza kontseilariaren aginduetara.
Geroztik, eta atzo arte, alor horretan aritu da lanean Eusko Jaurlaritzan.
