Gaixotasun larri baten ondorioz zendu da, semea espetxean dela. Asteon, Mendaroko Ospitalean izan da Otegi, amari bisitan: Zaballako (Araba) espetxera eraman zuten Logroñoko espetxetik (Espainia), eta handik ospitalera Ertzaintzak eraman zuen. Izan ere, Espetxe Zuzendaritzak Ertzaintzari eskatu zion har zitzala beharrezkoak ziren neurriak Otegi hara eramateko, eta baimena amari bisita egitea ez den beste helburu batzuetarako ez erabiltzeko.
2009an atxilotu zuten Otegi 'Bateragune auziagatik', Rafa Diez, Arkaitz Rodriguez, Miren Zabaleta eta Sonia Jacintorekin batera. Maiatza hasieran erabaki zuen Espainiako Auzitegi Konstituzionalak haiek aske ez uztea, zigorraren hiru laurdenak beteta eduki arren.
