Parte hartze zuzena izan zuen Francisco Jose Hernando magistratuak HB-EH-Batasunaren, zein EHAK eta ANVren legez kanporatze prozesuetan. Auzitegi Goreneko 61. Areto bereziari zegokion Espainiako Diputatuen Kongresuan onartutako Alderdien Legea aplikatzea. Francisco Jose Hernando zen areto horretako buru, ezker abertzaleko alderdien legez kanporatzeak agindu zituztenean.
Ez hori bakarrik, Batasunak bere legez kanporatze epaiaren kontra Konstituzionalean jarri zuen helegiteak salatu zuen Hernandok Alderdi Politikoen Legearen aldeko txostena egiten parte hartu zuela, CGPJko presidente gisa. Aurretik ere salatu zuen epaimahaiburuaren inpartzialtasuna, baina alferrik.
HB-EH eta Batasuna legez kanporatu zituztenean herriko tabernak arakatzeko agindua ere eman zuen Hernando buru zuen epaimahaiak. Batasunarekin loturarik ba al zuten aztertu nahi zuen, hala izanez gero, legez kanporatze sententzia betetzeko taberna horiek itxi egin beharko liratekeela iritzita. Hain justu, egunotan ari dira egiten Madrilen taberna horien eta Batasunaren arteko lotura frogatu edo bartzertzeko epaiketa, Espainiako Auzitegi Nazionalean, 35/02 auzian.
2011ko maiatzean Espainiako Auzitegi Gorenak Bilduri hauteskundeetara aurkeztea debekatu ostean, azken unean bozetara aurkezteko baimena eman zion Konstituzionalak. Hernando Konstituzionalean zen ordurako, baina erabakiaren kontrako boto partikularra idatzi zuen, koalizioa legez kanpo utzi behar zela argudiatuz.
Estrasburgok legez kanpoko jo berri duen Parot doktrina ontzat eman zutenean ere Goreneko presidente zen Hernando. Espainiako Diputatuen Kongresuak azalpenak ematera deitu zuen orduan Hernando, neurri hori sortzen ari zen zalantzak argitzera. Hernandok uko egin zion ordea joateari. Konstituzioak jasotzen duen "independentzia judiziala" bermatu behar zuela argudiatu zuen, ez joateko.
2001etik 2008ra arte izan zen Goreneko buru Hernando, eta aldi berean CGPJ Espainiako Botere Judizialeko buru ere izan zen, PPk proposatuta. 2010n hartu zuen Konstituzionaleko magistratu kargua.
