Arabako Fiskaltzak kereila kriminal bat aurkeztu du Hiriko sustatu zutenen aurka. Diru publikoa bidegabeki erabili zutela, administrazioari iruzur egin ziotela, dokumentuak faltsutu zituztela eta dirua zuritu zutela uste du Josu Izagirre fiskalak. Ikerketa "konplexua eta sakona" izan dela azaldu du fiskaltzak, eta dokumentazio guztia 35 kaxatan igorri diola epaileari.
Hirikoren patenteei buruzko salaketa bat ere egina zuen EH Bilduk auzitegietan. Atal hori artxibatu egin du fiskalak. Gainerako salaketak ontzat eman ditu, ordea, eta orain kereila kriminal bat aurkeztu dio epaileri, Hiriko sortzeko proiektuan parte hartu zuten elkarte eta enpresen aurka. Salatuen artean da, beraz, Afypaida, proiektuaren enpresa nagusia, eta baita haren mendeko beste enpresa batzuk ere.
Ibilgailu txiki elektrikoak sortzeko proiektu bat zen Hiriko, ia 18 milioi euroko diru laguntzak jaso zituena. Euskal Herriko enpresa batek eta MIT Massachussets Institue of Technologyk garatu zuten elkarrekin. 2013an atera behar zuten lehen unitateek lantegitik, baina proiektua bertan behera gelditu zen, aurrekontu arazoak argudiatuta.
Hirikori emandako diru laguntzak eta Eusko Jaurlaritzak zein EAJ inguruko politikai batzuek proiektuan izandako esku hartzeari buruz ikerketa batzorde bat egin zuten Eusko Legebiltzarrean. Epsilon proiektuaren gorabeherak ere batzorde berean aztertu zituzten —administrazioaren 45 milioi euro jaso zituen diru laguntzetan, 1 Formulako ibilgailuak egiteko, baina proiektu hori ere bertan behera gelditu zen—.
EH Bilduko parlamentari Igor Lopez de Muniainek kritikatu du Hiriko sustatu zuten pertsona batzuek administrazioan jarraitzen dutela, beren karguetan. Proiektua "lapurreta bat" izan zela erantsi du, diru laguntzak "helburu pribatuetara" bideratzea zelakoan asmo bakarra. "Eta hori ez zen posible izango EAJren eta PSEren babesik gabe". Gogora ekarri du, gainera, Epsilon eta Hiriko auziak ikertzeko batzordean, EAJk, PSE-EEk eta PPk ez zutela utzi argitzen zein pertsona ziren gertaturikoen erantzuleak.