Benegasek kargu ugari izan zituen 1974az geroztik gaur egunera arte PSOEn nahiz PSEn, eta beraz, baita GALek jardun zuen urteetan ere. PSOEren antolaketa idazkaria izan zen 1984tik 1994ra, eta PSEren lehen idazkari nagusia 1977tik 1988ra.
GALen auziak Benegas zipriztindu zuen. 1995eko uztailean Ricardo Garcia Danboreneak Baltasar Garzon epaileari esan zion EAEko sozialisten agintariek onartu egin zutela GALen estrategia. 1995ean Garzonek txosten bat egin zuen Auzitegi Gorenarentzat, Jose Barrionuevo Espainiako Barne ministroa akusatuz eta beste zenbait akusazio aztertu behar zirela esanez: Txiki Benegas, Narcis Serra eta Felipe Gonzalez. Auzitegi Gorenak kasua onartu zuen, baina Eduardo Moner epaileak auzitik kanpo utzi zituen ondoren hirurak.
Segundo Mareyren bahiketaren epaiketan deklaratu zuen, lekuko gisa, eta esan zuen ez dituela GALen operazioak ezagutzen. Sozialistek "inoiz, inoiz, inoiz" ez zutela gerra zikina abiatzea planteatu esan zuen.
Benegasek hasieratik babestu zituen Jose Barrionuevo eta Rafael Vera. Guadalajarako espetxean ere egon zen, Barrionuevo eta Vera 1998ko irailaren 10ean kartzelara sartu zirenean, babesa emateko. Besarkadak eman zizkieten eta txalo egin zieten kartzelara sartu aurretik.
