Pandemiaren kontrola, laborategietan

Aditu askok azpimarratu dutesekuentziazioaren garrantzia COVID-19aren hedapena geratzeko orduan: modua egiten du birusaren mutazioak identifikatzeko eta tokian tokian hedatuen dauden aldaerak identifikatzeko. Gonzalo Rodriguez Ordoñez aditu horietako bat da, Nasertic enpresa publikoko medikuntza pertsonalizatuko burua: «Ahalik eta informazio zehatzena izateak bide ematen du erabakiak azkarrago hartzeko. Aldaera baten agerraldi bat garaiz identifikatzen badugu, azkarragoak izango gara hori kontrolatzen».

Horretan ari dira martxotik Nasertic-en, Nafarroako Gobernuaren Osasun Departamenduarekin eta Nafarroako Ospitaleguneko Mikrobiologia zerbitzuarekin batera. Illumina enpresaren NovaSeq6000 gailua darabilte horretarako, «sekuentziazio masiboa» egitea ahalbidetzen baitie: astean 380 lagin inguru sekuentziatzen dituzte. «EB Europako Batzordeak gomendatzen du %5-10 artean sekuentziatzeko aldaera berriak kontrolpean izateko. Guk horiek baino askoz gehiago sekuentziatzen ditugu, makina honi esker ia prezio berean paziente gehiagoren laginak sekuentziatu baititzakegu».

Prozesurako astebete behar izaten da; Mikrobiologia zerbitzuak laginak prozesatu, eta Nasertic-era bidaltzen ditu, makinan sartzeko. Makinak birusaren material genetiko osoa irakurtzen du, bere 30.000 ARN unitateak, eta, gero, hori alderatzen dute jatorrizko birusaren lagin batekin, duela urtebeteko batekin, alegia. Gero, informazioa mundu osoko datu base libre batera bidaltzen dute, mundu osoko egoeraren jarraipena errazteko.

Baina, jarraipenerako soilik ez, Rodriguezek azaldu du prozesu horrek etorkizunean gaixoen artan ere lagun dezakeela: «Birusari buruzko informazio gehiago lortu ahala, gaixoentzako tratamenduak zehazten ere lagun dezake: izan ere, ikusten badugu aldaera batek erresistentzia garatu duela botika baten aurka, jakin ahalko dugu kutsatu horri zein botika eman».

Gutxienekoaren azpitik

Eusko Jaurlaritzak adierazi du bilakaera epidemiologikoak hobera egin ahala sekuentziatzeko gaitasunak gora egin duela; Biocruces eta Biodonostiako laborategietan egiten dituzte azterketak. Osasun Sailak egungo sekuentziazioaren gaineko kopuru zehatzik jakinarazi ez badu ere, aurreratu du martxotik hona egoera ez dela aldatu: orduko hartan, positibo guztien %2 sekuentziatzen zituztela azaldu zion BERRIAri. Hala ere, azterketa masiborako gailuak badaude: hain zuzen ere Nasertic-ek duen NovaSeq6000 gailu berbera du EHUk Leioako Campusean (Bizkaia), baina oraingoz ez dute elkarlanik hasi osasun sistemarekin; Osasun Sailak argudiatu du oraingoz «moldatzen» direla. Bildutako datuak mundu osoko datu baseetara bidaltzen dituzte haiek ere.

Ipar Euskal Herriko datu zehatzik ez dago PCR proben sekuentziazioaren inguruan. Izan ere, Frantziako Osasun Publikoaren erakundeak kudeatzen ditu sekuentziazioak, Flash dispositiboaren bidez. PCR positiboen baheketa automatikoki egiten dute, birusaren aldaera nagusien inguruko informazioa lortzeko. Sekuentziazioa, berriz, ez da automatikoki egiten: laborategiek, nahi izanez gero, parte har dezakete azterketa horietan, lagin positiboak sekuentziatzera bidaliz. Azken datuak maiatzaren 11koak dira, eta Frantzia osoko 2.518 PCR proba positibotan oinarritzen dira. Hala, ezinezkoa da jakitea zein den Ipar Euskal Herriko proben proportzioa. Dena den, sekuentziazio kapazitatea handitze aldera, Frantziako Osasun Publikoaren erakundeak deialdi publiko bat egin du, EMERGEN proiektuaren bidez. Helburua da sekuentziazioa egiteko gai diren egiturak biltzea, astero 5.000 sekuentziazio egiteko.