Benedikto XVI. aita santuak arrasoa utzi du euskal Elizan, eta, besteak beste, Elizaren sektore atzerakoienetakotzat jotzen diren gotzainak izendatu ditu. Azken urteetan Vaticanoak Euskal Herriko elizbarrutietan egindako izendapenek kezka eta ezinegona eragin dute. Aurrena, Francisco Perez Gonzalez Iruñeko artzapezpikuaren izendapena izan zen; gero, Mario Izeta Bilboko gotzain laguntzailearena, ondoren, Marc Aillet Baionako apezpikuarena, gero, Juan Ignacio Munilla Donostiako gotzainarena, eta, azkenik, Izeta gotzain izendatzea.
Askoren ustez, hautaketen atzean, hainbat urtean euskal Elizak jarraitutako ibilbidea eteteko asmoa dago. Bertako Elizaren "vatikanizazio prozesua" deitu izan diote, eliza "integrista" bihurtzeko. Mario Izeta izendatu zuen Bilboko gotzain, Ricardo Blazquezek utzitako lekua betetzeko. Haren izendapenean, euskal Elizako zenbait sektorek Espainiako Elizako hierarkiaren jarrera "hertsi eta atzerakoiarekin" lotu zuten, eta euskal Elizan jarrera horien defendatzaile izateko izendatu zutela esan zuten. Munillaren izendapenak ere protestak eragin zituen Gipuzkoako apaizen artean.
Gainera, Jesusen bizitzari buruz Jose Antonio Pagolak idatzitako Jesus. Hurbilketa historikoa liburuaren zentsurak zeresana eman du euskal Elizan. Liburua argitaratzeko baimena eman zion Joan Maria Uriarte Gipuzkoako aurreko gotzainak, baina 2011n liburuari buruzko ikerketa eskatu zuen Vatikanoak. PPC argitaletxeak erretiratu egin zuen liburua 2010eko martxoan, nahiz eta bederatzi argitaraldi izan, sei hizkuntzara itzulia izan eta 80.000 ale baino gehiago saldu.
Bestalde, Vatikanoaren ildo ofizialari aurka egin zion Joxe Arregi fraide frantziskotarrak, Elizak Munilla Gipuzkoako gotzain izendatuta. BERRIAn argitaratutako gutun batean, Arregik salatu zuen hura deserriratzeko asmoa zuela Munillak, isilarazteko. Horrelakorik onartu ez, eta frantziskotar ordena eta apaizgoa uztea erabaki zuen Arregik.
