Jonan Fernandez politikaren ingurumarira itzuliko da: Gipuzkoako Batzar Nagusietako EAJren aholkulari izendatu dute. Hala jakinarazi dio gaur Maria Eugenia Arrizabalaga EAJren GBBko presidente eta ganberako eledunak Batzar Nagusietako talde jelkideari.
Fernandez Jaurlaritzan sartu zen Iñigo Urkullu Eusko Jaurlaritzako lehendakari egin zutenean. Urkulluk Bake eta Bizikidetza arloko idazkari nagusi izendatu zuen 2013an. 2017tik 2020ra, Giza Eskubide, Bizikidetza eta Lankidetza izena hartu zuen bulegoak, eta Fernandezek jarraitu zuen buru. 2020ko urrian, Urkulluren azken legealdian, berregituratu egin zen Lehendakaritza, eta bizikidetza gaiak Lehendakaritzatik atera zituzten. Fernandezek, baina, Lehendakaritzan segitu zuen, Trantsizio Sozialaren eta 2030erako Agendaren idazkari nagusi gisan, legealdia amaitu arte, iazko udaberrira arte.
Urkullurekin batera utzi zuen Fernandezek Jaurlaritza. Baketik-ekin zeukan kontratua eten egin zuten. Hilabete batzuetara etorri zaio EAJren eskaintza.
Eusko Jaurlaritzan lanean hasi aurretik, bizikidetza gaietan bidea egina zuen Fernandezek. Lurraldea taldearen koordinatzailea izan zen 1985etik 1992ra. Leitzarango autobiaren aurkako plataforma izan zen hura. 1987 eta 1991 bitartean, Herri Batasuneko zinegotzi izan zen Tolosan, Gipuzkoan. Zinegotzi izateari utzi zionean utzi zuen HB. 1992an Elkarri eratu zuen, giza eskubideen eta elkarrizketaren aldeko koordinakundea. Gerora Lokarri izan zen. Elkarri desegin zenean, Baketik elkartea sortu zuen Fernandezek, bizikidetza sustatzeko.
