Martxoaren 3ko Biktimen Elkartearen eskariekin bat egin dute Eliza katolikoaren barruko Euskal Herriko Apaizen Koordinakundeak eta Herria 2000 Eliza kolektiboak: «Egiaren, justiziaren, erreparazioaren eta halakorik berriro gerta ez dadin bermatzearen alde» egin dute, hedabideei helarazitako gutun batean. Duela 50 urteko gertakariak salatu eta biktimei sostengua adierazteaz gain, azaldu dute gertaera haren eta gaur egun munduan jazotzen diren halako beste askoren iturria «boteretsuen etekinak giza eskubideen gainetik jartzen dituen kapitalismo menperatzailea» dela; halaber, Eliza katoliko osoari eskatu diote berma dezatela «biktimei dagokien justizia», eta «babes solidarioa» eman diezaietela «giza eskubideen alde ari direnei».
Ezinbestean, Elizak protagonismoa izan zuen Martxoaren 3ko gertakarietan: Gasteizko apezpikuak baimena eman zuen langileen biltzarra Zaramagako San Frantzisko elizan egin zedin, eta garaiko langile mugimenduak harreman estua zuen Eliza katolikoko apaiz eta bestelako kideekin. Sarraskiaren ondorengo 50 urteetan, ordea, erakundeak jarrera polemikoa hartu izan du. San Frantzisko elizaren beraren kudeaketa da horren adibide nagusia: eraikina jaiotzen erakusketak egiteko baliatzen zuen Gasteizko Elizbarrutiak, eta bertan Martxoaren 3aren inguruko oroimen zentroa irekitzeko prozesua gatazkatsua izan da. Juan Carlos Elizalde apezpikuak ez du harreman ona Martxoaren 3ko Biktimen Elkartearekin, eta haiekin batzartzeari uko ere egin izan dio. Gainera, elkartearen inguruko adierazpen polemikoak egin ditu hedabideetan: kideak «azal mikatzekoak» direla esatea, adibidez.
Harreman gatazkatsu horren harira, Elizaren barruan bestelako iritziak ere badirela erakutsi du Euskal Herriko Apaizen Koordinakundearen eta Herria 2000 Elizaren gaurko gutunak. «Sarraski polizialaren biktimekin, eta egia eta justizia osoa erreklamatzen dutenekin solidario» izango den Eliza bat lortzeko desioa adierazi dute, eta horren alde lanean jarraituko dutela esan. Alta, 50. urteurrena hurbil den honetan, Gasteizko Elizbarrutiaren eta Martxoak 3 elkartearen arteko harremanek hotz diraute, eta ez dirudi, hasieran hitzeman zen legez, San Frantzisko elizako oroimen zentroa aurtengo martxoaren 3rako prest egonen denik, joan den astean hasi baitziren egonkortze lanak.
